Es la parroquia de los latinos de Belén. Fue erigida por los PP. Franciscanos en 1882 en sustitución de otra medieval, más pequeña. Digno de notar es el Bautisterio de mármol con la concha sostenida por un Angel esculpido en 1754 en Palermo, y en las puertas de la iglesia, los nuevos bajorrelieves (1949) con las figuras de S. Jerónimo, S. Eusebio y de las Stas. Paula y Eustoquio, obra de A. Mortet. Delante de la iglesia está el bellísimo claustro de los cruzados, restaurado en 1948-49, por el arq. A. Barluzzi, reutilizando capiteles mutilados y columnas rotas. Debajo del claustro existen restos del muro del monasterio de S. Jerónimo. Otros restos del muro de Constantino y de Justiniano se pueden ver al O. del claustro junto a la cisterna llamada de Sta. Elena junto al pórtico de Justiniano los Cruzados levantaron el campanario con una capilla en la parte inferior, con pinturas de la Virgen y de los Apóstoles, restauradas por Vagarini (1950).

Otros restos del monasterio de los cruzados se encuentran dentro del convento actual de los PP. Franciscanos, sobre todo, en la parte Norte (cfr. P. B. Bagatti "Los antiguos edificios sagrados de Belén", Jerusalén 1952). La iglesia fue reconstruida, según dice la lápida encima de la puerta de entrada desde el convento, a expensas de Francisco José I, del Imperio Austro-Húngaro en 1882.

En la capilla de la derecha se venera una imagen del famoso Niño de Belén, tallada en madera de cedro por la casa "Viuda de Reixach", Barcelona.

El cuadro que preside el órgano, fue pintado por François Lafon en 1888. El antiguo órgano lo construyó Fr. Delfín Fernández, en la Oficina de S. Salvador de Jerusalén siendo inaugurado en 1978.

Por unas escaleras, hacia el centro de la parte derecha, se desciende a la Capilla de S. Jerónimo y grutas adyacentes: de los Inocentes y de S. José.

La capilla de Sta. Elena se halla en la parte inferior del campanario en tiempo de los cruzados. Las pinturas han sido restauradas por el pintor C. Vagarini en 1950, con el fin de adaptar la capilla al culto. La decoración cubría literalmente todas las paredes de la habitación. Las pinturas parecen del s. XII-XIII, como las pinturas y mosaicos de la Basílica. Estas exponen varios temas como la deisis (Cristo, la Virgen y Juan Bautista), la etimasía (trono para el juicio) y diversos santos.